学院实施军事化管理。新学期伊始，入学新生都要在哈尔滨火车站祭拜伊藤博文胸像，并有关东军高级军官亲临学院，参加升旗仪式。学生集中食宿，每天清晨6点半起床，7时集合向日本天皇遥拜，夜自习后集体熄灯就寝。

　　学生毕业分配，为学院命令方式。1941年6月德苏战争爆发，正度暑假的20期学生接到了院长手塚省三的机密通知，让学生提前返校，提前毕业。尽管哈尔滨学院是所四年制的满洲国立大学，“但在其历史中，没有一个人完完整整地读完四年。”